Gdy mamy do czynienia z rozliczeniami VAT oraz ewidencją księgową wspomnianych operacji w państwowych i samorządowych jednostkach budżetowych, powinniśmy mieć świadomość tego, że mamy do czynienia z zagadnieniami dość skomplikowanymi. Do pewnego momentu nie mieliśmy do czynienia z jakimikolwiek próbami kwestionowania podmiotowości prawno-podatkowej tych jednostek, w roku 2013 doszło jednak do zmiany tej sytuacji.
Przyczyniła się do tego sentencja uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego, która stanowi, że gminne jednostki samorządowe nie mogą być postrzegane jako podatnicy VAT. Wspomniana uchwała NSA miała poważne konsekwencje, z listy podmiotów sektora finansów publicznych postrzeganych jako podatnicy VAT mogą bowiem ubyć gminne jednostki budżetowe. W tym miejscu wypada jednak podkreślić, że chwała ta nie zmienia statusu państwowych jednostek budżetowych, jednostek samorządu terytorialnego takich, jak gminy, powiaty oraz województwa oraz samorządowych zakładów budżetowych. Sytuacja powiatowych i wojewódzkich jednostek budżetowych nie jest jednak jasna. Co prawda uchwała z czerwca 2013 roku odnosi się wyłącznie do gminnych jednostek budżetowych i nie ma żadnej sugestii dotyczącej tego, że sama uchwała, jak i jej uzasadnienie odnoszą się też do powiatowych i wojewódzkich jednostek budżetowych. Wspomniane uzasadnienie zawiera zresztą ustosunkowanie się NSA do kwestii podmiotowości samorządowych zakładów budżetowych i uznał je za podatników VAT. NSA zwrócił również uwagę na to, że nie powinno się odnosić do państwowych jednostek budżetowych wprost tego stanowiska, które odnosi się do gminnych jednostek budżetowych, które działają w imieniu i na rachunek gminy jako publicznej osoby prawnej. Uchwała wymusiła też konkretne ruchy na urzędnikach Ministerstwa Finansów, którzy zadeklarowali, że do końca 2013 roku przedstawiona zostanie koncepcja rozliczania VAT w jednostkach budżetowych gmin. Działanie takie wydaje się niemożliwe do odroczenia, w innym wypadku bowiem można mówić o znaczącej uciążliwości skutków uchwały NSA. Szybko okazało się jednak, że termin przedstawienia koncepcji musiał zostać przesunięty w czasie. Przyczyniło się do tego pytanie prejudycjalne skierowane przez NSA do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Oczekuje się, że ten ostatni rozstrzygnie, czy jednostka organizacyjna gminy może być uznana za podatnika VAT, jeśli wykonuje czynności o charakterze innym niż organy władzy publicznej, choć nie spełnia warunku samodzielności.
Resort zdecydował, że do czasu uzyskania odpowiedzi na wzmiankowane pytanie, organy podatkowe powstrzymają się od kwestionowania dotychczasowych praktyk i to zarówno w przypadku rozliczania jednostek budżetowych, jak i w odniesieniu do jednostek samorządu terytorialnego. Podkreśla się jednak, że zaistniała sytuacja cechuje się tymczasowością i przyjęte rozwiązania w żadnym wypadku nie mogą być uznawane za ostateczne. Zwraca się też uwagę na wagę sprawy i znaczenie, jakie ma szybkie rozstrzygnięcie związanych z nią niejasności oraz ryzyko, z jakim należy się liczyć zwlekając z realizacją tego postulatu..
